Odeski Uniwersytet Narodowy im. Ilji Miecznikowa jest wiodącym ośrodkiem naukowo-dydaktycznym współczesnej Ukrainy, najlepszą instytucją szkolnictwa wyższego w południowej części kraju. Początki edukacji uniwersyteckiej na południu Ukrainy sięgają początku XIX wieku, a dokładniej roku 1817, kiedy to założono słynne Liceum Richelieu. Początkowo zamknięta instytucja edukacyjna dla dzieci z rodzin arystokratycznych, na początku trzeciej dekady istnienia, dzięki reformom opiekuna liceum, D. M. Kniażewycza liceum strukturą i treścią kształcenia zbliżyło się do systemu uniwersyteckiego. Potężny impuls do przekształcenia liceum w uniwersytet dał słynny naukowiec M. I. Pirogow, który w połowie lat pięćdziesiątych był kuratorem odeskiego okręgu edukacyjnego. Zakończenie tego procesu nastąpiło już w następnej dekadzie.
Imperatorski Uniwersytet Noworosyjski otworzył drzwi dla pierwszych studentów 1 (13) maja 1865 r. Początkowo składał się on z trzech wydziałów: historyczno-filologicznego, fizyczno-matematycznego oraz wydziału prawa, w 1900 r. natomiast powołano wydział medyczny. Od początku istnienia Uniwersytet Noworosyjski stał się wizytówką nauki i szkolnictwa wyższego, odgrywając znaczącą rolę w życiu społecznym miasta i regionu. Znaczące miejsce w pracy dydaktycznej Uniwersytetu zajmowały placówki edukacyjne i pomocnicze: Biblioteki Pirogowa dla wykładowców i studentów, Muzeum Paleontologiczne i Zoologiczne, Obserwatorium Astronomiczne, Ogród Botaniczny, Stacja Hydrobiologiczna, laboratoria i gabinety. Aktywną działalność prowadziły: Towarzystwo Przyrodników Noworosyjska, Towarzystwo Historyczno-Filologiczne przy IUN oraz Odeskie Towarzystwo Bibliograficzne, których członkowie brali udział w organizacji i prowadzeniu krajowych i zagranicznych kongresów naukowych. We wczesnych latach istnienia uniwersytetu wizytówką uczelni byli naukowcy, którzy następnie stali się czołowymi przedstawicielami światowej nauki: przyszły laureat Nagrody Nobla I. I. Miecznikow, matematyk Aleksandr Lapunow, fizyk Fedir Szwedow, fizjolog Iwan Seczenow, okulista Wołodymyr Filatow, historyk Fiodor Uspienski, slawista Wiktor Grigorowicz.
Po rewolucji lutowej 1917 r. i brutalnej walce między różnych rządami Uniwersytet Noworosyjski istniał długo, aż do 1920 r., kiedy to rozwiązano go w związku z likwidacją uniwersyteckiej edukacji na sowieckiej Ukrainie. Na bazie uniwersytetu powstały trzy niezależne instytuty: medyczny, fizyczno-matematyczny i humanistyczno-społeczny. Dwa ostatnie z powodu reorganizacji zostały włączone do Odeskiego Instytutu Edukacji Narodowej, który stał się bezpośrednim następcą IUN. Z Odeskim Instytutem Edukacji Narodowej związane są nazwiska wielu światowej sławy naukowców: O. K. Aleksiejewa, B. V. Warneke, M. M. Lange, M. G. Lignaua, B. M. Lapunowa, J. G. Oksmana, S. L. Rubinsteina, M. Y. Slabczenko, G. I. Tanfilewa, I. Y. Tymczenko, E. M. Szczepkina. Jednakże na początku lat 30. XX wieku ukraińskie szkolnictwo wyższe znajdowało się w sytuacji kryzysowej, co doprowadziło do wznowienia działalności uniwersytetu.
1 września 1933 r. Uniwersytet w Odessie wznowił swoją działalność w ramach trzech wydziałów. Liczba wydziałów z czasem wzrosła i zgodnie z ustawą z 1939 r. na Odeskim Uniwersytecie Państwowym istniało 6 wydziałów: historyczny, filologiczny, fizyczno-matematyczny, biologiczny, geograficzny i chemiczny. W tym trudnym okresie na uniwersytecie działało 51 katedr, działalność dydaktyczną i naukową prowadził Ogród Botaniczny, Naukowo-Badawczy Instytut Fizyki, Obserwatorium Astronomiczne, biblioteka oraz inne jednostki. W Państwowym Uniwersytecie Odeskim zatrudnionych było wielu wybitnych naukowców, których nazwiska były związane z Uniwersytetem Noworosyjskim i Odeskim Instytutem Edukacji Narodowej. Chwałę uniwersytetu pomnożyło trzech prezydentów Akademii Nauk Ukrainy - Wołodymyr Lipski, Danyło Zabolotny, Oleksandr Bogomolec, oraz wybitni naukowcy: chemik W. D. Bogacki, zoolog D. Tretiakow, geograf O.P. Suchow, astronom K. D. Pokrowski, psycholog D.G. Jelkin , archeolog M. F. Boltenko.
Kolejnym czasem próby dla wykładowców i studentów były lata II wojny światowej. W lipcu 1941 r. Odeski Uniwersytet Państwowy, dzięki rektorowi M. P. Sawczukowi, został ewakuowany początkowo do Berdiańska, Krasnodaru, potem do Maikopu i Bajram-Ali. Podczas 38 miesięcy ewakuacji uniwersytet ukończyły 3 roczniki absolwentów, liczba studentów wahała się od 250 do 500. W tym czasie w okupowanej Odessie władze rumuńskie utworzyły Universitatea din Odesa, która mieściła się w budynkach OUP. Część nauczycieli i studentów, którzy z powodu różnych okolicznościach nie mieli możliwości opuścić Odessy, pracowali i studiowali na uniwersytecie utworzonym przez administrację okupacyjną. Uniwersytet liczył ponad dwa tysiące studentów, a rektorem był profesor P. G. Czasownykow. On i większość nauczycieli (w tym profesorowie W. F. Lazurski, B. W. Warneke, K. D. Pokrowski), którzy pracowali na Universitatea din Odesa, byli represjonowani po powrocie władzy radzieckiej.
Odeski Uniwersytet Państwowy wznowił pracę w Odessie 21 kwietnia 1944 r. W 1945 r. uczelnia otrzymała imię znanego na całym świecie naukowca, laureata Nagrody Nobla I. I. Miecznikowa, który dla personelu instytucji stał się symbolem przejścia od trudów czasu wojny do pracy w warunkach pokojowych i nowych osiągnięć naukowych. Otwarty na nowo uniwersytet przyjął do siebie pracowników naukowych i dydaktycznych oraz studentów większości wyższych uczelni w Odessie. Za wybitne osiągnięcia w szkoleniu specjalistów w 1965 r. OUP otrzymał Order Czerwonego Sztandaru Pracy, a w 1978 r. znalazł się na liście wiodących uniwersytetów ZSRR. Pod koniec lat 80. uniwersytet składał się z 9 wydziałów: fizycznego, mechaniczno-matematycznego, chemicznego, biologicznego, geologiczno-geograficznego, historycznego, prawniczego, filologicznego oraz filologii romańskiej i germańskiej. Powstały nowe budynki uniwersyteckie, wzrosła liczba studentów, nastąpiły zmiany strukturalne, zwiększyła się liczba katedr i specjalizacji. W skład uniwersytetu wchodził Naukowo-Badawczy Instytut Fizyki, Obserwatorium Astronomiczne, nowo utworzone centrum obliczeniowe i 17 laboratoriów problemowych i naukowo-badawczych, Ogród Botaniczny, Muzea: Paleontologiczne, Zoologiczne i Petrograficzno-Mineralogiczne. Uniwersytet posiadał wydział przygotowawczy, prowadził kursy doskonalenia zawodowego oraz studia doktoranckie. Sukcesy w nauce i edukacji sprawiły, że Odeski Uniwersytet Państwowy im. I. I. Miecznikowa był jednym z liderów wśród uczelni wyższych ukraińskiej SRR.
Nowy okres w historii OUP im. I. I. Miecznikowa rozpoczął się w 1991 roku. Dzięki nowym warunkom społeczno-ekonomicznym i społeczno-politycznym, które zapanowały na Ukrainie wraz z proklamowaniem niepodległości państwa, uniwersytet mógł się rozwijać i integrować się z międzynarodową społecznością akademicką. Jednym z najważniejszych priorytetów była optymalizacja i doskonalenie struktury organizacyjnej zgodnie z warunkami integracji z europejską wspólnotą akademicką. Powstały nowe katedry, jednostki badawcze i dydaktyczne. Zapoczątkowano i rozwinięto proces integracji jednostek. Podczas kadencji JM Rektora prof. I. P. Zelinskiego (1987-1995) na bazie największych wydziałów stworzono instytuty. Pod przewodnictwem następujących rektorów: prof. W. A. Smyntyna (1995-2010) i prof. I. M. Kowala (od 2010) wdrożono szereg koncepcji w zarządzaniu mających na celu zwiększenie autonomii działania i inicjatywy, udział szkolnictwa wyższego w relacjach rynkowych, wzrost ogólnej kultury i kompetencji zawodowych przyszłych specjalistów. W 2000 roku na mocy dekretu Prezydenta Ukrainy uniwersytet uzyskał status narodowego. Po przejściu transformacji lat 90. uczelnia z pełnym przekonaniem przystąpiła do procesu integracji z międzynarodową społecznością akademicką: za swoje wysokie osiągnięcia w dziedzinie edukacji i międzynarodowej współpracy naukowej Odeski Uniwersytet Narodowy otrzymał zaproszenie do Europejskiego Stowarzyszenia Uniwersytetów (EUA, 1991), a następnie do Międzynarodowego Stowarzyszenia Uniwersytetów (IAU, 1995) przy UNESCO. Odtąd rektorzy uniwersyteccy są członkami Konferencji Rektorów Europejskich Uniwersytetów (CRE). Zespół OUN brał czynny udział w działaniach renomowanych organizacji międzynarodowych, takich jak Niemiecka Centrala Wymiany Akademickiej (DAAD), programy Fulbrighta i Edmunda S. Muskie (USA), UNESCO, TEMPUS (TAСIS), INTAS, program Rząd USA CRDF, oraz realizował wspólne programy z ambasadami Wielkiej Brytanii, USA, Włoch, RFN, Francji i innych krajów.
W uznaniu zasług dla niepodległej Ukrainy, Uniwersytetowi w 2003 roku przyznano dyplom honorowy Gabinetu Ministrów Ukrainy. Pięciokrotnie z rzędu (2005-2009), OUN otrzymał honorowy tytuł „Lidera Nowoczesnej Edukacji”, a w 2010 roku - Grand Prix w konkursie rankingowym na wystawie „Nowoczesna edukacja na Ukrainie”, zorganizowanym przez Ministerstwo Edukacji i Nauki Ukrainy oraz Narodową Akademię Nauk Ukrainy. W roku akademickim 2011-2014 uczelnia czterokrotnie otrzymała honorowy tytuł „Lider działalności naukowej i naukowo-technicznej” oraz Grand Prix w kategorii "Skuteczność pracy badawczej wyższej instytucji edukacyjnej". Ponadto w 2014 r. OUN zajął czwarte miejsce w rankingu instytucji szkolnictwa wyższego na Ukrainie w oparciu o naukową bazę danych Scopus.
Obecnie OUN tworzy ponad dziesięć tysięcy studentów i półtora tysiąca wykładowców. Wśród tych ostatnich jest ponad 20 członków oraz członków-korespondentów państwowych i zagranicznych akademii nauk, 18 zasłużonych działaczy nauki, oświaty i kultury, 12 laureatów nagród państwowych oraz innych wyróżnień na szczeblu państwowym, prawie 120 doktorów habilitowanych i profesorów, ponad 600 doktorów i docentów, pracujących w prawie 100 jednostkach. Każdego roku uniwersytet organizuje kilkadziesiąt międzynarodowych konferencji, publikuje kilkaset monografii, podręczników oraz tysiące artykułów naukowych.
Uczelnia na podstawie odpowiedniej licencji przygotowuje specjalistów w zakresie 20 kierunków i ponad 40 specjalności. Uniwersytet tworzą trzy instytuty edukacyjno-badawcze (matematyki, ekonomii i mechaniki; innowacyjnej i podyplomowej edukacji, nauk społecznych) oraz dziesięć wydziałów (fizyczny, chemiczny, geologiczno-geograficzny, biologiczny, filozoficzny, historyczny, filologiczny, filologii romańskiej i germańskiej, ekonomiczno-prawny, dziennikarstwa, reklamy i działalności wydawniczej), pięćdziesiąt instytutów naukowych, jednostek naukowo-badawczych, laboratoriów problemowych i branżowych.
13 maja 2015 Odeski Uniwersytet Narodowy im. Ilji Miecznikowa uroczyście obchodził 150. rocznicę powstania.